石蕴三与樊锥同为清末的拔贡生，戊戌变法时期，他们参与了湖南巡抚陈宝箴的维新运动，与谭嗣同、梁启超等人一道。变法失败后，他们被通缉，但石蕴三和樊锥得以避难于山间。随后，石蕴三前往日本留学，并在那里加入了同盟会，以“苍石”自号表示反对清朝统治。他返回中国后，先后担任船山学社社长和湘学会组织者，鼓励学生参加反清活动。在长沙，他帮助创办了中学堂，并在禹之谟的唯一学堂兼课。但当禹之谟被捕时，石蕴三逃往上海继续其教育工作。
宣统三年（1911年），广州起义失败后，他深感愤慨，不畏牺牲地写下挽联：“鲁仲连，义不帝秦，君不爱民民爱国；屈大夫，魂游列楚，生者如死死如生。”辛亥革命胜利后，他未受聘为官，而是继续从事教育工作。袁世凯称帝後，他支持云南起义并拒绝政府的职位邀请。1920年代，他出版多部著作，其中包括《老学今诠》、《政谈续》、《燕尘录》等。他还曾任湖南大学教授，但在“一二八”事变中，其作品遭到焚毁。在抗日战争期间，当长沙沦陷时他辞职隐居于乡间，因病去世于1948年7月。他的传记见载于《人物大辞典》中。