石蕴三与樊锥同为清朝末年拔贡出身，参与了湖南巡抚陈宝箴的维新运动。戊戌变法失败后，他们避难山间幸免于难。光绪二十六年，石蕴三随唐才常参加汉口起义，但因事奔波，最终留学日本。在日本期间，他先后进入弘文师范和法政大学，并在同盟会中担任成员，以“苍石”自号表示反对清政府。归国后，石蕴三历任船山学社社长、湘学会组织者、教务长等职位，在教育领域做出了显著贡献。他也是一名文学家，以其深厚的文化底蕴和卓越的文学造诣，在中国近代文学史上占有重要地位。
宣统三年（1911年），广州起义失敗後，他以挽联激励人心：“鲁仲连，义不帝秦，君不爱民民爱国；屈大夫，魂游列楚, 生者如死死如生。”辛亥革命胜利后，他拒绝入仕，不愿意成为袁世凯称帝后的官员。他还曾是《老学今诠》、《政谈续》、《燕尘录》的总纂，并教授湖南大学，对教育事业有着深远影响。
然而，在一二八事变时，其著作遭受轰炸焚毁，无存；抗战期间又在长沙文夕大火中损失了藏书。战争结束后，由于病痛缠身，他只能穷居山村。一生致力于文化传承与教育改革，与他同时期的一些政治活动并无直接关联。但他的思想和作品却对中国现代社会产生了深远影响。他最终在1948年7月去世，《人物大辞典》收录其传记。
