石蕴三与樊锥同为清朝末年拔贡出身。在戊戌变法时期，他与谭嗣同、梁启超、熊希龄等人积极参与新思潮的传播。随着变法失败和清政府的镇压，石蕴三避难山间，与樊锥共同逃脱追捕。后来，他在光绪二十六年的汉口起义中再次被迫流亡，并于光绪二十九年赴日留学。
在日本期间，石蕴三先后就读于弘文师范和法政大学，并于1905年加入同盟会，以“苍石”自号，表达其反抗清廷的决心。归国后，他担任船山学社社长，创办湘学会，并组织学生运动以促进反清活动。在此过程中，他还曾是邵阳中学堂的教务长，以及广益中学（前身唯一学堂）的兼课教师。
宣统三年（1911年），广州起义失败后，黄花岗七十二烈士牺牲，这一事件激发了他强烈的情感。他以鲁仲连和屈大夫为榜样，用笔勉励人心。在辛亥革命成功之后，由于他的坚定立场和不愿仕途，不肯接受官职，而是继续从事教育工作。
1920年代初期，当袁世凯称帝时，蔡锷领导云南起义，而他也支持这一行动。之后，在教育部长范源濂邀请下，他担任总纂，并著有多部书籍，如《老学今诠》、《政谈续》、《燕尘录》等。此外，还有《说诗解颐》、《尚书今文通释》、《易象的哲理观》、《曲台十论》以及《说文匡邪》，这些作品都发表在上海出版。
然而，“一二八”事变期间，其作品遭受日本飞机轰炸而全毁；湖南省内存有的版本，也在1938年的长沙火灾中丢失。当战争接近家门时，即便已然年迈，但仍然辞去职位隐居山村。他留下的遗言是：“乱后更无清静土，焚余犹有断残书”，展现了其对过去历史所持之愤慨态度。在抗战胜利后的1948年7月病逝之前，他曾短暂成为湖南省政府顾问，以维持生活费用的药物开销。不过，最终还是未能挽回所有损失，只留下史料记录他的丰富生命经历。
