石蕴三的生平与樊锥紧密相连，他们都是清朝末年才华横溢的学者。戊戌变法期间，湖南巡抚陈宝箴倡导改革，成立了时务学堂、南学会和时报馆等机构。谭嗣同、梁启超、熊希龄、陈三立、唐才常、樊锥和石蕴三都参与了这些活动。当变法失败后，陈宝箴等人被革职，而石蕴三等人则被通缉，只有躲藏在山间才能幸免于难。
光绪二十六年（1900年），他参加了唐才常领导的汉口起义，但随后不得不逃到上海避难。在那里，他得到了蔡锷的帮助，并在1903年留学日本。在日本，他先是在弘文师范学校学习，然后转入法政大学。1905年2月，他加入了同盟会，以“苍石”为笔名，表达其反清复明的心志。
返回中国后，石蕴三担任船山学社社长，并且创办了湘学会，与其他人一起鼓吹革命思想。他还组织学生进行反清行动。次年的长沙，一些重要人物，如谭心休和马邻翼，还一起创办了一所中学堂，其中他担任教务长。而当禹之谟创办唯一学堂（广益中学前身）时，他又兼课。但是，当禹之谟遭到捕捉时，石蕴三再次逃往上海，在中国公学继续他的教育事业。
宣统三年（1911年）的广州起义失败之后，有七十二位革命者献出了生命，而他却因为愤慨而写下一副挽联：“鲁仲连，不愿做秦王；君不爱民民爱国。”辛亥革命成功后，他被许多人推荐去做官，但他坚决拒绝。此后的几年里，他一直活跃于政治领域，最终成为教育部的一员，并著作《老学今诠》、《政谈续》、《燕尘录》等书籍。
然而，“一二八”事变中，由于日本飞机轰炸，其作品大多数丢失无存。抗战胜利后的最后几年里，由于健康问题衰弱，他最终在1948年的7月病逝，《人物大辞典》也记载着他的传记。
