樊锥与石蕴三同为清朝之学子，皆曾考取拔贡。戊戌变法期间，湖南巡抚陈宝箴倡导新思潮，创办时务学堂、南学会等机构。谭嗣同、梁启超、熊希龄、陈三立、唐才常、樊锥和石蕴三均参与了这些活动。当变法失败后，陈宝箴等人遭革职，而石蕴三等人则被通缉。幸运的是，他们躲藏于山间避免了追捕。在光绪二十六年（1900年），他们再次卷入唐才常领导的汉口起义，但最终逃到了上海，并得到了蔡锷的支持。在那里，他们留学日本，并加入了反清组织。
返回中国后，石蕴三担任船山学社社长，并帮助建立湘学会，以推动学生的反清运动。他还在邵阳中学堂担任教务长，在禹之谟创办的唯一学堂兼课。不过，当禹之谟被捕后，他不得不再次逃往上海并继续他的教育事业。
宣统三年（1911年），广州起义失败而黄花岗七十二烈士殉难，这激发了他强烈的情感。他写下挽联：“鲁仲连，不愿做秦皇帝；屈大夫，如死生亦复然。”辛亥革命胜利后，他拒绝了一系列官职机会，最终成为湖南省教育专家。
1920年代初期，他出版多部著作，其中包括《老学今诠》、《政谈续》、《燕尘录》，并在上海出版。此外，他还撰写了《说诗解颐》、《尚书今文通释》、《易象的哲理观》、《曲台十论》和《说文匡邪》，但许多作品在“一二八”事件中遭受损失，再次发生长沙大火时也未能幸存。他晚年的生活困难，只好靠政府顾问身份维持生计直至去世。
1948年7月，他去世，但他的传记仍然收录在《人物大辞典》中。
