石蕴三生平与樊锥同为清末拔贡出身。戊戌变法时期，湖南巡抚陈宝箴倡导新思潮，创办了时务学堂、南学会等机构。谭嗣同、梁启超、熊希龄、陈三立、唐才常及石蕴三等人积极参与变革活动。当变法失败后，陈宝箴等人遭革职，而石蕴三等人则被通缉，他们逃往山间避难幸免于难。在光绪二十六年（1900年），他们参加了唐才常领导的汉口起义，但随后不得不逃至上海寻求蔡锷的庇护，并在二十九年（1903年）赴日本留学。
入学初期，他在弘文师范学习，然后转入法政大学。二年的生活中，他加入了同盟会，以“苍石”自号，表达其反对清朝政府的决心。在归国后，他担任船山学社社长，并组织成立湘学会，以推动学生运动反抗清朝统治。在次年的长沙，他与谭心休和马邻翼共同创办了驻省中学堂，并担任教务长。此外，在禹之谟创办的唯一学堂（广益中学前身）工作期间，他兼课教学。
然而，由于禹之谟被捕而失去了工作场所，他再次回到上海继续授课于中国公学。在宣统三年（1911年）的广州起义失败和黄花岗七十二烈士牺牲之后，石蕴三以坚定的志向，不畏牺牲地继续战斗。他曾撰写挽联：“鲁仲连，义不帝秦；君不爱民民爱国；屈大夫魂游列楚；生者如死死如生。”辛亥革命后的胜利后，一些名将，如黄兴、宋教仁和李燮和，都劝他接受官职，但他谢绝了一切提议。
直到四年（1915年）袁世凯称帝，当时他回到了家乡并支持云南起义反对袁世凯。他在五年的时间里一直保持这一立场，最终拒绝了教育部长范源濂的聘请成为总纂。一段时间后，他返回湖南省，就读于船山学社并教授湖南大学。这一期间，他著作颇丰，有《说诗解颐》、《尚书今文通释》、《易象的哲理观》、《曲台十论》、《说文匡邪》以及《老墨管学今诠》，均由上海出版。但是，“一二八事变”爆发时，这些作品几乎全数毁灭，无存有遗本。而那些保存在湖南省的人物传记也因1938年的长沙火灾而丢失。
当日本侵略军逼近时，长沙陷入危机状态下，石蕴三辞去所有职位隐居山村，用书来贴门联：“乱后更无清静土；焚余犹有断残书”，表达自己的愤慨。战后的几十个月里，由于病痛缠绵，只能作为顾问获得一些补贴以支付医疗费用。他最终在37岁那一年离开人世，《人物大辞典》中记载着他的故事。
