石蕴三与樊锥同为清末的拔贡生，戊戌变法时期，他们均参与了湖南巡抚陈宝箴的维新运动，与谭嗣同、梁启超、熊希龄等人共同努力。随着变法的失败，他们遭受迫害，被通缉，幸运地避过了一劫。在光绪二十六年，他参加了汉口起义，但后来逃到上海，得到了蔡锷的资助，并于光绪二十九年赴日留学。在日本期间，他先后就读于弘文师范和法政大学，并加入了同盟会，以“苍石”自号表示其反清立场。
归国后，石蕴三担任船山学社社长，并组织湘学会，鼓励学生反抗清朝统治。在宣统三年，他在广州起义中被捕，但他并未屈服，而是写下挽联表达自己的忠诚和不屈。他拒绝入仕，在辛亥革命之后继续发挥影响力。五年间（1915-1920），他编辑出版多部著作，如《老学今诠》、《政谈续》、《燕尘录》，并担任总纂。此后，他回到湖南大学教授，同时继续撰写书籍，如《说诗解颐》、《尚书今文通释》等。
然而，在“一二八”事变中，其作品在上海遭遇焚毁，再次在长沙文夕大火中损失无存。抗战胜利后的1948年7月，石蕴三因病去世，其遗作至今仍然受到推崇。
