汉朝的军事领导体系在其一千多年的统治期间经历了多次变革，展现出一系列复杂而精细的组织结构。公元前202年至220年间，汉朝分为西汉和东汉两个时期，其军事体制承袭了秦朝的集中统一特点，并进行了一系列创新。
在初期，为了减轻百姓负担，实施了“与民休息”的政策，使得征兵负担相对减轻。而武帝时期，则通过削弱王国诸侯，加强中央集权，最终使得骑兵成为重要的战力，并逐渐实行募兵制。在东汉初年，由于裁撤郡队和取消都试制度，使国家军力的实力受到了削弱。随着地方势力的增强，在农民起义中产生的大大小小武装集团乘机崛起，最终导致国家陷入混乱之中。
在中央层面上，三公九卿制是早期的一种行政管理模式，其中丞相辅佐皇帝处理天下大事，而太尉则掌握最高武职，但不行军令之权。此外，还有大将军、骠骑将军、车骑将軍以及各种名号的将领，他们主要负责征伐任务。后来，大司马被置于丞相之上，对宫中的机密工作参与决策，并在战争中指挥大军出征。
东汉时期，大司马改称太尉，不仅是最高行政首脑，也直接掌握了国政要务及军队指挥权。在此之后，由外戚担任大将军者控制国家政局，与三公共同组成“四府”，实际上他们拥有最大程度的政治影响力。此外，监军制度也被沿用，以确保皇帝能够对远方战场的情况保持监控。
对于地方行政单位而言，郡与国并存，其中太守作为地方最高长官负责调动士兵、训练和考核，同时还包括维持治安、率领部队出征等职责。县级别则由县令兼管两方面的事务，而乡镇基层则有自己的组织机构，如正卒训练、邮递系统以及户籍登记等。
然而，在东汉末年的黄巾起义之后，由于频繁战争导致刺史和郡守拥有更多的地方自主权，从而埋下割据地盘的情形。这段历史上的演变反映出了一个不断适应环境变化并调整自身结构以保持稳定的帝国巨轮所走过的一条曲折道路。