王小波曾形象地将这本书比作“不新的《万历十五年》”，正如1587年的明朝，既有决定性的转折，也可能被视为平淡无奇的一年。然而，这一年却是中国封建王朝发展的一个重要节点。
过去的明史叙述中，“民穷”的说法几乎遍布，但黄仁宇提出了不同的看法，他认为国家赋税过重并非民穷的根本原因，而在于法律与政府效能问题。自古以来，以道德代替法制的现象，在明代达到了极致，而黄仁宇撰写《万历十五年》的初衷，就是要阐述这一观点。
在万历年间，明朝中的重臣，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们都以悲剧收场。即使是万历帝自己，在这种文官集团体制下，只能采取无为而治的态度。这一体制惯性带来的悲哀，让人深感历史之苦难。在他们各自闪耀着光芒时，都试图进行改革，但最终均告失败，大多数人甚至遭受革职或入狱等厄运。一群文官为了维护集团利益，使得国家武备、科技进步和商业发展都陷入停滞。文官集团统治确实给大明王朝带来了不幸，宦官们夺权更是加速了其覆灭。
历史上，万历十五年的确是一种平凡的一年，只不过在这一年里发生了一些容易被忽略的小事，而这些事件虽貌似微不足道，却实际上揭示了前事后果及未来机缘之间错综复杂的因果关系，是探究历史重点所需关注的地方。通过对几个关键人物的描述，《万历十五年》展示了这个衰落帝国的情景，以及它悲剧命运如何一步步形成，最终沦丧于时间流逝。
尽管对中国以道德代替法律的问题，黄仁宇在《万历十五年》中已做出透彻批判——道德不可替代技术，更不能完全取代法律。他指出，明朝特征之一就是依赖意识形态作为统治手段，将意识形态渗透到帝国每个角落，无论强度还是广度，都达到了前所未有的程度。
从那开始，一段时间里，不仅中国与西方之间差距日渐扩大，即西方帝国崛起之际，大部分东方帝国也逐渐走向消亡。