在卞敦的仕途中，他先后担任过州郡和司空府的职务，之后又历任太子舍人、尚书郎。他的卓越表现赢得了同僚们的高度评价，东海王司马越闻讯后，即召他为自己的主簿。永嘉三年（309年），面对前赵刘聪率军逼近洛阳时，卞敦与胡毋辅之共同劝说时任太傅的司马越抵抗，但遭到了太尉王衍和河南尹潘滔强烈反对。在众人的支持下，卞敦坚持争论，最终成功说动了司马越决心抗击前赵军，并最终取得胜利。此后，他出任汝南太守，而当初司马睿曾邀请他出任镇东军咨祭酒，但卞敦拒绝了提名。
随着时间的推移，山简征求他的意见，将流民迁回本乡，但这激起了流民王如发动叛乱，并且荆州和湘州也出现了叛乱。这两次叛变被卞敦迅速平定。他还监管沔北七郡军事，并在江夏相位上屯驻于夏口。在讨伐杜弢第二次叛乱时，被授予征讨大都督一职，与其他将领一起平定了杜弢。由于其功绩，他被封为安陵亭侯。
随后的历史发展中，卞敦继续担任各种职务，如镇东大将军王敦的幕僚，以及朝廷中的光禄勋等。但是，在苏峻联合祖约起兵反叛朝廷的时候，当温峤等将领救援建康而不及时出兵支援时，被批评为“阻军观望，不赴国难，无大臣之节”。尽管丞相王导力排众议让他转而成为安南将军、广州刺史，但是由于病情缠身，他未能履行新职责，最终因忧愤去世，其子卞滔承袭益阳侯称号。
