汉朝的军事领导体系在西汉和东汉时期经历了发展与变化。西汉初年，实施“休养生息”政策，减轻百姓负担，但仍保持秦朝那种高度集中和统一的军事体制。武帝时期，将中央权力进一步加强，对地方诸侯王进行削弱，使得皇帝对军队有更大控制。在频繁战争中，骑兵成为重要战力，并逐渐采用募兵制。东汉初年废除郡队和都试制度，用募兵制代替征兵制，从而削弱了国家的军事力量。在后来的农民起义中，大大小小的武装集团崛起，最终导致国家衰败。
在中央政府层面，三公九卿制度确立，其中丞相辅佐皇帝处理国政，而太尉掌管武事，为最高武职。但是他并不行军令之权，而是作为顾问存在。光禄勋、卫尉、中尉等官员负责京城治安。大将军、骠骑将军、车骑将运及其他名号的将领则掌握征伐权力。到了武帝时代，他削弱了丞相的地位，加强了大司马的地位，使其参与宫廷决策，并在战争中指挥大军。
随着时间推移，大司马的地位被恢复为太尉，其地位仅次于三公，并且实际上掌控国家的大部分行政和军事职能。而外戚持有高级职务，如大将軍，则能够左右国政并控制最大程度的实权。此外，监理制度也被沿用，以保障战争中的正当性。
地方上，郡国并存，每个郡由太守管理，他同时也是最高的地方长官。他下属的一些助手包括都尉，他们负责训练士兵、维护治安以及指挥作战。而县令则兼任两项任务：管理民众与管理士兵。在更低一级别，有乡镇组织，由官吏管理，这些组织还涉及到本地正卒训练和治安、邮递传递等任务。当黄巾起义爆发后，因为频繁战争，这些刺史和郡守不仅拥有指挥部队，还有征集新兵的权利，这种情况埋下了割据分裂的情形种子。