王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得一提的事件。然而，它恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。
过去关于明史的叙述，大多数都包含了“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家的赋税过重，而在于法律和政府管理上的低效率。两千多年的中国历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到了极点。而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，就是要说明这一观点。
在万历年间，明朝的一些重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们每个人都有自己的特点，都试图改革，但最终大多数人遭遇失败，被革职或入狱。一群文官为了维护整个集团的利益，使国家武备、科技创新和商业发展都陷入停滞。文官集团的统治对于这个国家来说，无疑是一场不幸的开始，更是导致大明王朝衰败的一个重要因素。
从历史上看，万历十五年的确只是一个平凡的一年，只不过在这个平凡之中，有一些容易被忽视的小事发生。这些建议看似不起眼，却实际上是之前重大事件的一个症结，也预示着将来会引发更多波澜。在《万历十五年》这本书中，我们通过对几个关键人物的描述，看到了这个正在崩溃的帝国悲惨命运，以及它如何被历史所淘汰。
尽管黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻批评了以道德代替法律的情况——道德并非无用，它不能取代技术，更不能取代法律。他认为，明朝的一个显著特征是在于“依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的程度。
从那一刻起，即 万历十五年的开始，中国与西方之间的差距越来越大。西方帝国正在崛起，而东方帝国则开始走向衰落。