石蕴三，樊锥同学同为清末学者，皆曾因戊戌变法而闻名。湖南巡抚陈宝箴的维新运动中，他们与谭嗣同、梁启超、熊希龄等人齐聚一堂。变法失败后，陈宝箴等遭革职，而石蕴三等则被通缉，他们避难山间幸免于难。在光绪二十六年参与汉口起义后，他逃往上海得蔡锷资助，并在日本留学期间加入了同盟会，以“苍石”自号表达反清之志。
返国后，石蕴三任船山学社社长和湘学会组织者，不断鼓吹学生反清思想。他还在邵阳中学堂担任教务长，并兼课于广益中学前身唯一学堂。随着禹之谟入狱，他又前往中国公学授课。在宣统三年广州起义失败后，他以挽联激励：“鲁仲连不做秦帝，我不爱民民爱我；屈大夫魂游楚地，我生如死死如生。”辛亥革命后的他拒绝出仕，但仍然支持革命事业。
1915年袁世凯称帝时，他支持云南起义并辅佐刘人熙。1920年代，他成为教育部总纂并出版多部著作，如《老学今诠》、《政谈续》、《燕尘录》等。此外，还有《说诗解颐》、《尚书今文通释》、《易象的哲理观》、《曲台十论》和《说文匡邪》，这些作品都在上海出版。但是，在“一二八”事变中他的作品遭受损失，再次在1938年的长沙大火中失去部分著作。
抗战胜利之后，由于病重，石蕴三辞去职务，但湖南省政府聘请他担任顾问，以补贴他的药费。他最终在1948年7月逝世，其传记见诸《人物大辞典》。