石蕴三与樊锥同为清朝末年拔贡出身。戊戌变法期间，湖南巡抚陈宝箴倡导新思想，创办了时务学堂、南学会及时报馆等机构。谭嗣同、梁启超、熊希龄、陈三立、唐才常、樊锥和石蕴三都参与了这些活动。当变法失败后，陈宝箴等人被革职，而石蕴三等人则遭通缉。他们逃往山区避难，最终在光绪二十六年（1900年）八月参与了汉口起义，但随后因追捕而逃到上海。在那里，他们得到了蔡锷的帮助，并于光绪二十九年（1903年）前往日本留学初入弘文师范学校，后转入法政大学。三年后，他加入了同盟会，并自称“苍石”，表达其反清的决心。
归国后，石蕴三担任船山学社社长，并组织成立湘学会，以激励学生反抗清政府。他还在禹之谟创办的唯一学堂兼课。此后的生活中，他多次遭遇困境，但始终坚持自己的信念直至去世。
宣统三年（1911年），广州起义失败，他深感愤慨并作出了挽联：“鲁仲连，不愿做秦王；君不爱民，民爱国家。”辛亥革命成功之后，他拒绝接受官职，只是偶尔参与政治活动。他晚年的著作包括《老学今诠》、《政谈续》、《燕尘录》，但由于战乱，大部分作品丢失或毁坏。他最终在1948年的7月去世，在他的生平中，对历史有着不可磨灭的影响。
