在这段经历中，盖乌斯·尤利乌斯·凯撒逃离了庞培的追击，来到了埃及。他向克罗狄斯二世求助，并通过将庞培的头颅送给自己而换取了克罗狄斯二世的好感。然而，这一举动并没有赢得凯撒的心。在此期间，克里奥帕特拉七世也想利用凯撒帮助她夺回王位。她伪装成一个商人，与凯撒见面时，从他的帐篷中悄然出现，以她的美貌和机智迷住了凯撒。随后，凯撒命令执行克里奥帕特拉七世女亲遗言，让她与克罗狄斯二世一起进入朝廷。
接着，波希尼乌斯发起兵变，但最终在亚历山大港战役中被击败，在战败后被杀。同时，克罗狄斯二世在逃亡途中去逝，而当时凶险之际，埃及再次沦入罗马手中。此后的岁月里，即使是凶暴残忍，也无法阻止埃及融入罗马帝国。而且，在这一过程中，她生下了一名女儿，被命名为菲洛帕托·菲洛图萨·尤利娅，以纪念“小盖乌斯·尤利乌斯·凯撒”。随着时间推移，她还成功恢复了自己的王位。
公元前45年，当时她与弟弟托勒密十四世一同前往罗马，他们受到热烈欢迎，并居住在位于第比尔岛上的卡西亚住宅。在那里，她几乎成为要角，因为恺撒真的履行了他对她的承诺，在意大利建造了一座维纳神庙，用以纪念他家族的先辈，而且把她的一块黄金塑像放在神殿旁边。这一切似乎预示着未来，她将成为整个东方世界中的第一位女性统治者。但就在恺撒于公元前44年3月15日遭刺身亡之后，这个梦想就化作泡影，而他们之间的情谊也随之结束。
其后，当昔律家、安东尼和屋大维争夺权力的时候，他们分别控制着不同的地区：屋大维掌握西部领土，而安东尼则统治东部。当安东尼准备进攻塔木苏姆并获得埃及财富用于战争开支时，这场纠纷才逐渐平息下来。