王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得一提的事件。然而，它恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。
过去关于明史的叙述，大多数都包含“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家赋税过重，而是在于法律和政府效能不足。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到顶峰，而他写作《万历十五年》的目的，也在于强调这一点。
在明朝万历年间，那些重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，他们每个人的故事都是悲剧收场。即便是当时的皇帝，也只能无为而治。在这种文官集团体制下，国家武备科技革新商业发展都陷入停滞。文官集团的统治让他们对整个国家来说，无疑是一场不幸的开始。而文官与宦官之间权力的斗争，更是使大明王朝走向衰败。
从历史的角度来看，万历十五年的确只是一个平凡的一年，只不过这个一年里发生了一些容易被忽略的小事件，但这些事件其实隐藏着以前重大事情背后的症结，并且也是将要引发未来的动荡因素。这其中因果关系，就是历史研究中的重点焦点。在《万历十五年》中，对几个关键人物进行了深入描述，我们可以看到那个落寂帝国悲惨命运的轮廓，以及它如何最终消亡。
尽管黄仁宇在《万历十五年》中已经批判得很透彻地指出，以道德代替法律是不够高效甚至有害的事实——道德并非解决一切问题的手段，它无法取代技术，更不能完全替代法律。他认为，明朝特征之一就在于“依靠意识形态作为统治手段;意识形态充斥了帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那时候起，一种不可逆转的情景出现了：中国与西方之间越来越大的差距。一边的是西方帝国崛起，一边的是东方帝国日渐衰落。这一刻标志着两个世界轴心正在迁移，一个古老文明正步入暮色之巅。