石蕴三的生平与樊锥紧密相连，他们都是清朝末年才华横溢的学者。戊戌变法期间，湖南巡抚陈宝箴倡导新思想，成立了时务学堂、南学会和时报馆等机构。谭嗣同、梁启超、熊希龄、陈三立、唐才常、樊锥以及石蕴三都参与了这些活动。在变法失败后，陈宝箴被革职，而石蕴三等人则被通缉，他们逃到了山间避难。在光绪二十六年的八月，他参与了唐才常领导的汉口起义，但随后不得不逃往上海寻求庇护。当时，他得到了蔡锷的大力支持，并在1903年留学日本。他先是在弘文师范学习，然后转入法政大学。两年后，他加入了同盟会，以“苍石”自称，表达其反清的决心。
返回中国后，石蕴三担任船山学社社长，并组织成立了湘学会。他鼓励学生反抗清政府，在32岁那一年，在长沙与其他人共同创办了一所中学，并在禹之谟创办的一所学校兼课。但是，当禹之谟被捕后，他又回到上海继续他的教育事业。在宣统三年的时候，他因广州起义失败而感到愤慨，不惧牺牲地写下挽联：“鲁仲连，不愿做秦王；君子爱民，如民爱国。”辛亥革命胜利后，他有机会进入政府，但他拒绝并选择继续从事教育工作。
1915年袁世凯称帝时，石蕴三再次回忆起他的政治抱负，与刘人熙一起响应云南起义反对袁世凯。但是当他到北京进行请愿时，却遭到拒绝。此后的几年里，他一直致力于教育工作，最终成为湖南省立大学教授。他撰写过多部著作，其中包括《说诗解颐》、《尚书今文通释》、《易象的哲理观》、《曲台十论》、《说文匡邪》和《老墨管学今诠》，这些作品都发表在上海出版。
然而，一二八事件中，由于战火纷飞，这些珍贵文献都未能幸存下来，即使那些保存在地方也最终在1938年的长沙大火中化为灰烬。随着战争接近尾声，尽管身处困境但仍坚持生活至1948年的7月去世。他的遗产依然受到尊敬，《人物大辞典》的记载证明这一点。