石蕴三与樊锥同为清朝末年拔贡出身。戊戌变法期间，湖南巡抚陈宝箴倡导新思想，创办了时务学堂、南学会及时报馆等机构。谭嗣同、梁启超、熊希龄、陈三立、唐才常、樊锥和石蕴三都参与了这些活动。当变法失败后，陈宝箴等人被革职，而石蕴三等人则遭通缉。他们逃往山区避难，并在光绪二十六年（1900年）参加了唐才常领导的汉口起义，但随后不得不再次逃往上海。在那里，他们得到了蔡锷的资助，并于光绪二十九年（1903年）留学日本。
在日本，他先是入读弘文师范学校，然后转至法政大学深造。在那里，他自称“苍石”，表达其反清的决心。此后，他加入了同盟会，并参与组织湘学会，以推动学生对抗清政府。他还曾任船山学社社长，并帮助创办了湘学会，鼓励学生进行反清行动。
宣统三年（1911年），广州起义失败后，黄花岗七十二烈士殉死，这激发了他的义愤。他写下挽联：“鲁仲连，不愿做秦王；君不爱民，民爱国。”辛亥革命胜利后，他拒绝接受政治职位，而是继续从事文学工作。在袁世凯称帝之初，他支持云南起义并协助刘人熙抵抗袁政府。
1927年的“一二八”事变中，当日本飞机轰炸上海时，其著作也随之消失无存。而在1938年的长沙大火中，也有部分作品被毁掉。不久之后，由于战争环境恶化，他选择辞去职位，在家乡隐居生活直到1948年去世。他的生平故事和作品至今仍受人们尊敬和研究。