王小波曾形象地将这本书比作“不新的《万历十五年》”，正如1587年的明朝，既有决定性的转折，也可能被视为平淡无奇的一年。然而，这一年却是中国封建王朝发展的一个重要节点。
过去的历史叙述往往以“税重民穷”来概括明代，但黄仁宇则认为民众贫困的根源在于法律与政府效能问题，而非赋税过重。他通过撰写《万历十五年》，力求阐明这一观点。
在这个时期，明朝的重臣们，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们每个人的故事都以悲剧收场。即使是当时的皇帝万历，在这种文官集团体制下，只能采取无为而治之策。这些人各有特长，却因无法突破体制而最终失败，大多数人甚至遭遇革职或入狱。一群文官为了维护集团利益，使国家武备、科技创新和商业发展陷入停滞。而文官与宦官之间的权力斗争更是加速了大明王朝的衰败。
尽管从表面上看，万历十五年的确平凡无奇，但隐藏其中的是若干容易被忽视的小事件，它们似乎微不足道，却实质上成为了前事后果和未来动荡机缘之间紧密相连的情节。在《万历十五年》中，通过对几个关键人物的深度分析，我们见证了这个帝国走向毁灭的大悲剧。这段历史最终淹没了那些帝王将相留下的痕迹。
黄仁宇在书中针对中国以道德替代法律的问题进行了深刻批判，他指出，无论意识形态多么强大，它都不足以取代技术，更不能替代法律。明朝特征之一便是依赖意识形态作为统治手段，让它渗透到帝国各个方面，使得其强度与广度达到了前所未有的程度。
自此之后，即万历十五年起，中国与西方之间的地理差距逐渐扩大，一边是西方帝国崛起，一边则是东方帝国开始走向衰落。