李开元认为吕马童是秦人。公元前206年,吕马童在好畤(今陕西乾县东)以郎中骑将加入刘邦的队伍,在公元前204年的韩信灭龙且之战中立下战功,逐渐升至骑司马。公元前203年的垓下之战后,他与杨喜、吕胜、杨武一起分割了项羽的尸体,因为他的英勇被封为中水侯。公元前170年,汉文帝十年时他去世,被谥号为庄侯。
他的儿子吕假继承了爵位,并将其传给了孙子吕青肩,再传给了曾孙吕德,最终传到了玄孙吕宜成。但是在汉武帝元鼎五年(即公元前115年),由于私自使用国库金银夺取爵位的行为,吕宜成失去了他的爵位。
《史记·项羽本纪》记载,在项羽兵败身亡之前,他曾称呼吕马童为“故人”,但关于他们相识的情形和关系,没有详细的历史记载留存下来。